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La psicofisiología se distingue de la psicología fisiológica en que la psicofisiología analiza el modo en que las actividades psicológicas producen respuestas fisiológicas, mientras que la psicología fisiológica analiza los mecanismos fisiológicos que conducen a actividad psicológica. Históricamente, la mayoría de los psicofisiólogos tienden a examinar la respuetas fisiológica y los órganos inervados por el sistema nervioso autónomo. Más recientemente, los psicofisiólogos están igualmente, o potencialmente más, interesados en el sistema nervioso central, explorando los potenciales corticales cerebrales como los diferentes tipos de potenciales relacionados con eventos (ERPs), ondas cerebrales, neuroimagen funcional (fMRI, PET, MEG, etc.). Un psicofisiólogo puede investigar como exponerse a una situación estresante produce un resultado en el sistema cardiovascular, tal como un cambio en el ritmo cardiaco, vasodilatación/vasoconstricción, contractibilidad miocárdica, etc.
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